長崎縣內約 70% 的面積由半島和離島構成,有 1,479 個離島,是 47 個縣中最多的。地形獨特,山地、丘陵和高原佔面積的 90%,低地不足 10%。但這並不表示這裡沒有高山,最高峰為 1483 公尺 (雲仙的平成新山)。雲仙是日本第二古老的高爾夫球場雲仙高爾夫球場的所在地,於 1913 年開業。以雲仙高爾夫球場為起點,戰後開始了全面的高爾夫球場建設,目前已在縣內主要依山傍海地形建有 20 多座球場。
長崎有1個由政府管理的機場(長崎機場)和5個由縣管理的機場(福江機場、對馬機場、壱氣機場、上後島機場和王子島機場)。 偏遠島嶼上也有高爾夫球場,但基本上可以從長崎機場開車前往高爾夫球場。 長崎機場是海上機場,因此還有一個高爾夫球場,可以從機場搭乘高速船到達。 2022年9月23日,長崎~武雄溫泉之間的西九州新幹線開通,從福岡方向搭乘電車前往更加順暢。
長崎縣最負盛名的球場之一是森林之家鄉村俱樂部,由曾贏得73個PGA巡迴賽冠軍和18個大滿貫冠軍的傑克·尼克勞斯設計。球場依山而建,可俯瞰大村灣和佐世保灣,18個球洞完美詮釋了這位高爾夫球之王的球場設計理念。同時,佐世保國際鄉村俱樂部將於2024年4月重新開放其於1976年啟用的會所。翻新後的俱樂部廣受高爾夫球手好評。